Naxçıvan xanlığının dövlət bayrağı dördkünc formadadır. Eni 144, uzunluğu isə 178 santimetrdir. Qızılı ipəkdən hazırlanmış bayraq bir-birinə üfüqi şəkildə tikilmiş üç parçadan ibarətdir. Bayrağın iki hissəsi eyni ölçüdə, bir hissəsi isə nisbətən ensizdir. Bütün bayraqlarda olduğu kimi, bu bayraqda da sağ tərəfdən bayraq torbacığı tikilib. Bayrağın üzərində ərəb qrafıkası ilə “Qurani-Kərim”dən 48-ci əl-Fəth ayəsinin bir hissəsi və dini şüarlarla yanaşı, 6 (altı) səkkizguşəli ulduz və nəbati elementler əks edilib. Üst zolağın üzərində ərəb qrafikası ilə “Allah dərgahından kömək, qələbə yaxındır, möminlərə müjdə ver, ya Məhəmməd!” yazısı qızılı saplarla bayrağın üzərinə həkk edilib. Zolağın sol tərəfındə digər xanlıq bayraqlarında əks olunmuş zanbaq gülü parçadan tikilib. Sağ tərəfdə biri digərinin içərisində aralarında dairəvi sədd olan iki səkkizguşəli ulduz qızılı saplarla bayraqda yerləşdirilib. Bayraqda əks edilmiş ulduz Möminə Xatın türbəsinin üzərindəki ulduzların üslubunda tərtib edilib. Buradaki ulduzların daxilində həndəsi elementler açıq-aşkar görünür. Orta zolaqda açıq-qızılı parçadan iki tiyəli tutacağı olan Həzrəti Əlinin qılıncı (Şəmşir) təsvir olunub. Qılıncın üst hissəsində “Əlidən başqa döyüşçü yoxdur” yazısı əks edilir. Yazının qarşısında insan əli formasında (xəmsə), yaxud ələm şəklində açıq-qızılı parça tikilib. Qılıncın alt hissəsində isə “Zülfüqardan başqa qılınc yoxdur” yazısı var. Yazının qarşısında və hər iki tərəfində səkkizguşəli ulduz olan, ucları sol tərəfə istiqamətlənən aypara və ulduz, aypara təsvirləri əks olunub. Ayparanın sağ tərəfındə “Əli” adı iki dəfə güzgü əksi kimi təsvir edilib, yazının üst hissəsinin mərkəzində minarə yerləşdirilib. Əli sözünün solunda “Hüseyn”, sağında isə “Həsən” adları yazılıb.