Dövlət Bayrağı Muzeyi Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məclisi Sədrinin “Naxçıvan şəhərində Dövlət Bayrağı Meydanı və Muzeyinin yaradılması haqqında” 2014-cü il 22 avqust tarixli Sərəncamına əsasən yaradılmış, 2014-cü il noyabrın 17-də muzeyin açılışı olmuşdur. Dövlət bayrağı müstəqilliyi təcəssüm etdirir. Ona görə də bayrağa münasibət Azərbaycanda tarix boyu özünü qabarıq şəkildə göstərmiş, xalqın milli mövcudluq simvolu sayılmışdır. Tariximizin ən dəyərli eksponatları sırasında mühüm yer tutan dövlət rəmzləri və bayraqlar Azərbaycanın qədim dövlətlərinin, o cümlədən Naxçıvan xanlığının və muxtar respublikanın tarixini öyrənməyə geniş imkanlar yaradır. Naxçıvan şəhərində yaradılan Dövlət Bayrağı Meydanı və Muzeyi bu baxımdan mühüm əhəmiyyətə malikdir. Dövlət Bayrağı Muzeyi Naxçıvan şəhərinin ən hündür ərazisində yerləşir. Bayraq dirəyinin ətrafinda yaradılmış muzey səkkizguşəlidir. Meydanda dalğalanan dövlət bayrağının uzunluğu 20 metr, eni 10 metr, bayraq dirəyinin hündürlüyü isə 57 metrdir.
Dövlət Bayrağı Muzeyinin fondunda 167 eksponat mövcuddur. Bunlardan 144-ü ekspozisiya zalında nümayiş etdirilir. Muzeydə olan Naxçıvan xanlığının dövlət və döyüş bayraqları ən dəyərli eksponatlar sırasındadır.
Dövlət Bayrağı Muzeyinin hər il ortalama 16 min ziyarətçisi olur ki, onlardan təxminən 6 min nəfəri əcnəbi qonaqlardır. Ekspozisiya zalında sərgilənən eksponatlar arasında Üçrəngli Dövlət Bayrağı, 1922-1981-ci illər arasında SSRİ dövründə qəbul edilmiş Naxçıvan bayraqları, Naxçıvan xanlığının döyüş və dövlət bayraqları, Kəngərli süvari dəstəsinin döyüş bayrağı, Eldənizlər dövlətinin bayrağının, Naxçıvan Bəy Drujinasının döyüş və fəxri bayraqlarının, Naxçıvan Qəzasının gerbinin, Naxçıvan xanlarının gerbinin fotosurətləri, 1990-cı il 17 noyabr tarixində Naxçıvanda üçrəngli dövlət bayrağının qəbul olunması haqqında qərarın və qəbul olunan üçrəngli dövlət bayrağının fotosurətləri və Azərbaycan xalqının ümumilli lideri Heydər Əliyev həmin qərarı oxuyarkən çəkilmiş fotoşəkli, Naxçıvan Muxtar Respublikasının Konstitusiyasından Naxçıvan Muxtar Dövlətinin rəmzləri haqqında çıxarışın fotosurəti, Naxçıvanda Eldənizlər, Elxanilər və Səfəvilər dövründə zərb olunmuş və pul dövriyyəsində işlədilmiş qədim sikkə nümunələri, Azərbaycan Respublikası və Naxçıvan Muxtar Respublikasının siyasi-inzibati xəritələri, Eldənizlər Dövləti, Naxçıvan xanlığı, Naxçıvan SSR, Naxçıvan Ölkəsi və Naxçıvan Araz-Türk Respublikasının xəritələri yer alır.