1940-cı ilə aid Naxçıvan Avtonom Sovet Sosialist Respublikasının bayrağı - 1939-cu il iyulun 11-də “Azərbaycan yazısının latın əlifbasından rus əlifbasına keçirilməsi haqqında” Azərbaycan SSR Qanunu qəbul edildi. Qanuna əsasən, 1940-cı il yanvarın 1-dən Azərbaycanda kiril (rus) əlifbasından istifadə edilirdi. Həmin qanuna uyğun olaraq, Naxçıvan MSSR-in Dövlət bayrağında da müvafiq dəyişiklik aparılmış, “AzSSR” və “Naxçıvan ASSR” sözləri kiril hərfləri ilə yazılmışdı.